Schon vor 32.000 Jahren wurden die Felder der Umgebung von Urmenschen der Aurignac-Kultur bewohnt. Bei Ausgrabungen ab 1969 fand man in Lommersum die ersten Festlandwohnplätze dieses Eiszeitmenschen in Westdeutschland. Sie hinterließen in großen Mengen Knochen und Geweihe ihrer Jagdbeute, die vor allem aus Rentieren und Wildpferden bestand.
Um die Zeitenwende scheint Bodenheim sich zu einem dauerhaften Wohnort entwickelt zu haben. Eine römische Ansiedlung ist belegt durch Münzfunde am „Bönde Pütz“ (Bendenpütz), u.a. eine Münze des Kaisers Constantin I. (306-337) sowie römische Glasgefäße, Ziegelsteine und Quadersteine. Die römische Reichsstraße Köln-Trier führte durch die Gemarkung Lommersum; ein Teilstück dieser Straße ist heute noch am Kessenicher Kreuz in Bodenheim begehbar.
Spätestens seit der Wende zum 1. Jahrtausend gehört Bodenheim (wie auch die Orte Derkum, Hausweiler, Ottenheim, und Schweppenheim) zum Hofverband Lommersum. Der alte Ortskern Lommersums mit seiner mauerumwehrten Kirche St. Pankratius liegt weithin sichtbar auf einem Hügel. Die Kirche ist an der Stelle errichtet, wo Römer und Franken einst Ihre Götterfeste feierten. Der erste Kirchenbau ist 837 als karolingischer Saalbau errichtet worden. Zwei Funde erinnern an die Zeit der Römer: im Eingang der Kirche ist ein kleiner Weihestein eingelassen, der die Muttergottheiten, die Matronae Romanae, darstellt. Links neben dem mächtigen Eichenportal – einer wunderschönen Tür mit Türschloßwärter – ist jener Stein mit Adler eingesetzt, der Generationen als Reichsadler des „Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nationen“ galt. Unter ihm wurden während der im Mittelalter begründeten Adelsherrschaft die Manneslehen der Dorfherren von Lommersum vergeben – unter ihnen auch Bodenheim.
Die fränkische Besiedlung ist vor allem durch große Gräberfelder belegt. Ihre Toten begruben die Franken meistens auf einer Erhebung. Bei der Anlage des neuen Friedhofes in Lommersum wurde ein fränkischer Friedhof gefunden. In den Jahren 1950-1955 wurde in Bodenheim ein Frankenfriedhof mit mehr als hundert Gräbern aus dem 5.-8. Jahrhundert ausgegraben. Teilweise waren die Grabbeigaben sehr reichhaltig und kostbar. Das Gebiet um Lommersum gehörte während dieser Zeit zum Zülpich-Gau (röm. Tolbiacum). Mit der Thronbesteigung Heinrichs I. des Sachsen im Jahre 919 endete auch am Rhein die Zeit der Franken.
Im Jahre 1047 wird der Ort erstmals als Lomundesheim, 1158 als Lomundsheim erwähnt. Eine Variante lautet 1176 Lomuntsheim; 1222 ist ein Lumersheim belegt. „Lummezem“, die noch heutige mundartliche Bezeichnungen für Lommersum, ist auf einem Grabstein hinter der Lommersumer Kirche überliefert (Lummelzem).
Namensdeutung
Mit großer Wahrscheinlichkeit ist der Name Lommersum nach den besonderen Merkmalen seiner Lage zu deuten. So könnte man das erste Wortelement als Loh deuten – Loh oder Lo bezeichnet im Mittelhochdeutschen ein Gebüsch mit einer Lichtung, auf der insbesondere die Franken ihre Götterfeste feierten und vielfach ihre Ansiedlungen gründeten. Der mittlere Namensbestandteil „Munts“ setzt möglicherweise ein lateinisches „Mons“ (Berg) fort. Denn in der Tat erhebt sich der alte Ortskern Lommersums auf einer Anhöhe aus der tiefergelegenen Zülpicher Börde. Nach dieser Analyse könnte „Loh Mons Heim“ die Bezeichnung „Ansiedlung (= Heim) auf dem Lohberg ergeben.
Der heutige Ortsname Lommersum erinnert hinsichtlich seiner Endung „Sum“ an eine im Niederländischen weitverbreitete Namensendung. (z.B. Hilversum, Ottersum). Es ist daher nicht ausgeschlossen, daß in der für die Ortschaft so bedeutenden spanisch-niederländischen Zeit (ab 1522) der Name bewußt von Lomundsheim in Lommersum „hollandisiert“ wurde.
Aus einer Urkunde des Jahres 1152 geht hervor, daß Lommersum (mit Bodenheim, Hausweiler, Ottenheim und den Schneppenheimer Höfen) um diese Zeit zum Herzogtum Limburg gehörte. Damals übertrug die Witwe des Herzogs von Limburg, Walrams I., das Kollations- (Recht zur Verleihung eines Kirchenamtes) und Zehntrecht der Lommersummer Pfarrkirche St. Pankratius der Augustinerabtei Klosterrath im heutigen Belgien. Erzbischof Phillipp von Heinsberg (1167 – 1191) erwarb 1180 die Freiherrschaft Lommersum. Als der Kölner Erzbischof Siegfried von Westerburg (1275 – 1297) im Jahre 1288 in der schicksalhaften Schlacht von Worringen dem Grafen Adolf von Berg unterlag, ging Lommersum für das Erzstift verloren. Adolf von Berg aber hatte sechs Jahre zuvor seine Ansprüche auf Lommersum an Herzog Johann von Brabant verkauft. Der limburgische Besitz Brabants gelangte 1404 an Burgund. Nach dem Tod Karls des Böhmen (1477), des letzten männlichen Vertreters aus dem burgundischen Herzoghaus, fiel Lommersum durch die Heirat seiner Tochter Maria von Burgund mit den Erzherzog Maximilian von Österreich (1459 – 1519), dem späteren Kaiser Maximilian I. (seit 1493), an das Haus Habsburg.
„Klein-Spanien“
1494 übergab der Kaiser den burgundischen Besitz seinem Sohn Philipp dem Schönen, der sich zwei Jahre später mit Johanna der Wahnsinnigen, Tochter der „katholischen Könige“ Isabella von Kastilien und Ferdinand von Argon, vermählte. Aus dieser Ehe geht der spätere spanische König Karl I. und der deutsche Kaiser Karl V. (1500 – 1558; 1516 König, ab 1519 Kaiser) hervor, der 1522 auf dem Reichstag zu Worms bei der Teilung der habsburgischen Gebiete die Besitzungen Brabants – und damit Lommersum – mit Spanien vereint.
Damit gehörte Lommersum (zusammen mit Kerpen und Mödrath) zu Spanien. Von 1522 – 1786, also länger als 250 Jahre, unterstand die Herrschaft dem „Souveränen Rat von Brabant“ in Brüssel. Philipp II. (1527 – 1598), Sohn Karls V. und ab 1556 König von Spanien, führt unter dem Siegel der Verteidigung der katholischen Religion einen erbitterten Kampf gegen die aufständischen Niederlande, deren protestantisch gewordene „vereinte Provinzen“ (das heutige Holland) sich 1591 von Spanien lossagten. Die südlichen Provinzen, darunter Brabant mit Lommersum, wurden nun endgültig an Spanien gekettet. Für Lommersum bedeutete das eine harte und niederdrückende Zeit. Es kam häufiger zu blutigen Fehden mit dem gleichgestellten Kerpen, als es um die Zahlung der Steueranteile ging. Zunächst verpfändete im Jahr 1554 Philipp IV. von Spanien die Herrschaft Lommersum an den Kölner Kurfürsten Max Heinrich von Bayern. Karl VI. von Spanien übertrug 1710 die vereinigten Herrschaften Lommersum und Kerpen dem Kurfürsten Johann Wilhelm von der Pfalz, der damit 1712 seinen Minister, den Grafen Friedrich von Schaesberg, belohnte.
Kaiser Josef II. (1741 – 1790, ab 1765 Kaiser) verzichtete in seiner Stellung als Herzog von Brabant 1786 auf die Lehnshoheit über Lommersum und wies zudem den „Souveränen Rat von Brabant“ an, seinerseits auf die oberste Gerichtsbarkeit über Lommersum zu verzichten. Damit war ein vierteljahrtausend des spanisch-habsburgischen Interims für Lommersum beendet. Als reichsunmittelbare Herrschaft wurde der Ort nun Eigentum des „regierenden“ Grafen August Friedrich von Schaesberg, eines Sohnes des oben genannten Johann Friedrich.
An die habsburgische Zeit Lommersums erinnert heute noch das sogenannte „spanische Rathaus“, ein einstöckiger längsrechteckiger Barockbau mit drei ungegliederten Fensterachsen und Wappenkartusche über dem Eingangsportal. Name und Stil erinnern an den weitaus kunstvolleren „Spanischen Bau“, der um 1605 – 1616 vor der Westseite des Kölner Rathauses errichtet wurde und in dem 1622, dem Beginn der spanischen Geschichte Lommersums, die Spanische Liga ihre Sitzungen hielt. Aus der spanischen Herrschaft über Lommersum datierten noch im 20. Jahrhundert spanische Familiennamen in Zusammensetzung mit einem anderen Namen, z.B. „Rey“ (= König). Auch niederländische Namen mit „van“ kommen vereinzelt vor.
Franzosen und Preußen
1794 wird das gesamte Gebiet durch französische Revolutionstruppen besetzt. Damit schlägt die Sterbestunde für die Reichsherrschaft Kerpen und Lommersum. Die Mairie (Bürgermeisterei) Lommersum wird ebenso wie die Mairie Weilerswist dem Kanton Lechenich im Arrondissement Köln, Departement Roer (Rur) zugeschlagen. 1815 wird das Rheinland preußisch, die Bürgermeistereien Weilerswist und Lommersum bleiben beim Kreis Lechenich, dessen Sitz 1827 nach Euskirchen verlegt wird. 1948/51 werden das Amt Weilerswist und die Gemeinde Lommersum zum Amt Weilerswist-Lommersum vereinigt, 1969 wird dann die Gemeinde Weilerswist mit den heutigen Ortsteilen Bodenheim, Derkum, Hausweiler, Horchheim, Groß-Vernich, Klein-Vernich, Lommersum, Metternich, Müggenhausen, Neuheim, Neukirchen, Ottenheim, Schneppenheim, Schwarzmaar und Weilerswist gebildet.